As substâncias húmicas são divididas em três frações: ácidos húmicos, ácidos fúlvicos e a fração humato. A principal diferença entre elas está em sua solubilidade em água. Os ácidos húmicos são solúveis em soluções alcalinas, mas insolúveis em condições ácidas, enquanto os ácidos fúlvicos são solúveis em todos os níveis de pH. A fração de humato é insolúvel e permanece durante a extração.

Tanto os ácidos húmicos quanto os fúlvicos consistem em moléculas complexas feitas de longas cadeias de carbono (alifáticas) e estruturas de anéis (aromáticas), com grupos funcionais contendo oxigênio (por exemplo, grupos carboxílicos ou fenólicos) que os tornam solúveis em água. A principal diferença é que os ácidos fúlvicos têm mais desses grupos funcionais, o que permite que permaneçam dissolvidos na água, enquanto os ácidos húmicos têm menos, o que faz com que precipitem em condições ácidas.

Embora as moléculas húmicas sejam geralmente consideradas maiores do que as moléculas fúlvicas, seus tamanhos moleculares (medidos em Daltons) se sobrepõem, sendo que os ácidos fúlvicos normalmente contêm mais oxigênio e os ácidos húmicos têm maior teor de carbono.

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